研究方向：
　  作物病害防控。在真菌传植物病毒、植物病毒基因组学，有害微生物导致的重大作物病害领域形成了有机的群体研究优势，在国内外具有较强的学科竞争实力，尤其是在稻、麦等主要粮食作物病毒病领域处于国际领先水平，发现了禾谷多黏菌体内带毒，并鉴定与传播相关的2个跨膜蛋白基因；在全国18省市43种作物上鉴定了6个属59种病毒（其中13种为新种），占全国已鉴定的植物RNA病毒种类近一半，测定了全部病毒基因组全序列，占世界同时报道的8.1%，其中29种病毒序列为国际首次报道。在作物病害防控方面则重点进行水稻对白叶枯病、稻瘟病的抗性机制，稻瘟病灾变规律和预警系统，稻瘟病菌致病性及其变异机制，白叶枯病和稻瘟病菌功能基因等有关的基础性研究。建立了稻瘟病菌、稻曲病菌等多种真菌的ATMT转化体系及稻瘟病菌GUS辅助的突变体双向筛选体系，建成并完善了多种植物病原真菌致病性及致病基因功能分析平台。
　  植物资源开发利用。针对浙江省高效生态农业发展的需要，开展具有地域特色的经济植物资源研究、代谢机理研究和新品种、新技术、新产品研发。目前，在秋橄榄、佛手、蓝莓、樱桃、西甜瓜等特色经济植物资源收集、评价、保存，番茄红素积累机理研究，生物活性物质提取及分析等方面形成了研究特色，主持国家自然科学基金、省级重大重点研究项目10余项，发表相关论文68篇，申请专利26件，获得授权发明专利3件，成果应用推广面积2万余亩，社会、经济效益4亿多元，获得省级科学技术奖3项，在国内具有较大影响和优势。  
　  功能基因发掘与育种利用。主要开展作物（重点是水稻）抗逆、抗病、优质和高产等优异基因资源的发掘和应用研究工作。首次揭示了单子叶植物中OsNOA1基因调控水稻叶绿体发育的分子机制，被列为年度中国植物科学领域的重要研究进展之一；提出了RDR6  通过调节小RNA合成而影响水稻小穗发育的新机制；首次克隆了水稻类病变spl5基因并分析其功能；建立了高粱重要农艺性状相关分子标记分析平台，相关成果发表在Plant  Jounal、New Phytologist、Journal of Experimental Botany、Molecular  Breeding等杂志上。
　  细胞生长发育与调控。主要开展的研究内容包括：植物生长素生物合成、极性运输及其信号传导；禾谷类作物逆境胁迫生理和分子生物学机制；根毛细胞的伸长和分裂机制；高温影响稻米品质以及植物抗病性的分子机理；磷、硫、硒元素的代谢机制及生物学功能；心肌细胞的程序性分化机制；成人T细胞白血病I型病毒及丙型肝炎病毒致淋巴瘤的分子机制等。本方向在生长素的极性运输、根毛细胞的生长发育机制等方面的研究处于国内领先水平，已在Nature  Genetics，Plant cell等国际权威期刊上发表相关研究结果。
　  微生物应用技术与产品开发。主要开展微生物耐药机理、微生物生态学，功能微生物和工业微生物菌种改造研究。通过已建立的高效率的筛选模型，在新型抗菌肽、高产免疫调节剂、新型功能活性剂等方面筛选出有市场开发价值的特异性基因、天然药物前提和微生物菌株；继续研究微生物群落演替和宿主天然免疫系统发育之间的互作机制；利用不同的实验模型通过代谢调控，重构微生物代谢途径，提高目标产物的生物合成和转化效率，为农业生产服务。同时，继续加大基础研究的力度，以保持我们在微生物部分领域的研究水平处于世界水平。